FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）样本是病理学和分子生物学研究中常见的样本类型，但其处理过程（福尔马林固定和石蜡包埋）会导致核酸（DNA/RNA）的化学交联、片段化和降解，从而给核酸提取带来挑战。FFPE核酸提取试剂盒是专门针对这类样本设计的工具，以下从多个角度分析其特点和应用：

1. FFPE核酸提取试剂盒的核心作用
- 解决交联问题：福尔马林固定会导致核酸与蛋白质交联，试剂盒通常通过高温（如60-65℃）结合去交联缓冲液（含蛋白酶K）来断裂交联键，释放核酸。
- 去除石蜡：试剂盒需有效溶解并去除石蜡（如使用二甲苯或替代溶剂），避免污染下游实验。
- 纯化受损核酸：FFPE样本中的核酸高度片段化，试剂盒需优化纯化步骤（如磁珠法或硅胶膜柱）以提高短片段核酸的回收率。


2. 试剂盒的优势
- 高兼容性：针对FFPE样本的独特需求设计，尤其适合陈旧或保存条件不佳的样本。
- 自动化支持：部分试剂盒适配自动化提取平台（如QIACube、KingFisher），提高通量和一致性。
- 下游应用适配：提取的核酸经过优化，适用于PCR、qPCR、NGS（如靶向测序）等，即使片段较短也能满足需求。
- 质量控制：部分试剂盒包含片段分析或质量控制步骤（如DV200值评估RNA完整性）。


3. 常见挑战与优化
- 核酸片段化：FFPE DNA片段通常在100-1000 bp之间，可能影响长片段扩增或全基因组测序。建议选择针对短片段优化的试剂盒（如Qiagen GeneRead、Roche High Pure系列）。
- 抑制剂残留：石蜡或福尔马林残留可能抑制下游反应，需严格进行洗涤步骤或使用抑制剂去除技术。
- 样本年限影响：老样本（>10年）核酸降解严重，需延长消化时间或调整裂解条件。


4. 主流试剂盒对比
- 磁珠法（如Beckman Coulter Agencourt、Thermo Fisher MagMAX）：适合高通量提取，但需注意短片段核酸的捕获效率。
- 柱膜法（如Qiagen QIAamp、Norgen Biotek FFPE RNA/DNA Kit）：操作直观，适合小规模实验，但对低浓度样本回收率可能较低。
- 化学法优化：某些试剂盒引入新型去交联剂（如Alkaline Hydrolysis）或修复酶（如PreCR修复混合酶），可部分修复损伤。


5. 应用建议
- 实验设计：根据下游需求选择试剂盒（如NGS建议高纯度、片段大小适配的试剂盒）。
- 质量控制：通过Qubit定量、Agilent Bioanalyzer/TapeStation评估核酸完整性（如DNA的 DIN值、RNA的 RIN/DV200）。
- 优化步骤：对陈旧样本可延长蛋白酶K消化时间（过夜）、增加去交联步骤温度梯度。


6. 未来趋势
- 单细胞与空间组学：针对FFPE样本的单细胞核酸提取技术正在发展，需更高灵敏度的试剂盒。
- 多组学整合：同时提取DNA、RNA和蛋白质的试剂盒（如AllPrep系列）逐渐普及，提升样本利用率。
- 无损脱蜡技术：开发更环保、无需有机溶剂的脱蜡方法（如基于表面活性剂的缓冲液）。


总结
FFPE核酸提取试剂盒是处理此类样本的关键工具，其设计需平衡核酸得率、纯度和片段长度。用户应根据样本保存年限、下游应用及实验规模选择合适的试剂盒，并结合质控步骤确保数据可靠性。随着分子病理学和精准医学的发展，FFPE样本的价值将进一步提升，相关提取技术也会持续优化。