FFPE 样本即福尔马林固定石蜡包埋样本，是肿瘤研究常见的样本。但因其制备和储存过程容易使组织中的核酸发生不同程度的降解和分子间的交联，石蜡的高温渗入过程进一步加速核酸的降解，这对于本身就容易发生降解的RNA来说，高质量的RNA获取则更是难上加难。因此，现阶段对FFPE样本的挑战就在于提取出的RNA得率低，完整性不高，质量较差，难以兼容下游RT-PCR、real-time RT-PCR、反转录等应用。

要如何获得高质量的FFPE RNA？

一、选择适当的脱蜡方法

脱蜡前应观察样本的形态大小，如果组织样本与蜡块占比小于35%，可用刀片切除多余石蜡。然后用脱蜡剂进行脱蜡，目前二甲苯是最常见的脱蜡剂，因具有较强的溶解性能，不需要高温高压条件，对FFPE样本造成损伤低，成本低等特点而被广受实验室青睐。

二、蛋白酶k和温浴处理解决交联问题

蛋白酶K可以消化蛋白质组分，在适当的时间、温度条件下进行孵育裂解，以实现解交联从而释放RNA。然而消化的温度，时间在整个过程中至关重要，如果消化的温度过低，时间过短，RNA的释放不充分，导致核酸提取的得率低；如果消化温度过高，时间过长，会导致RNA碎片化。新百基推荐56℃，15min后再80℃，15min进行解交联。

三、对RNA 产物进行质控

为保障RNA产物质量，对产物进行质控是必要的。目前主要的质控方法有以下几种:

1. RNA产量：使用Nanodrop等仪器准确评估RNA产量，保证后续实验顺利进行。

2. RNA完整性：提取出的RNA需要检测其完整性，琼脂糖凝胶电泳是常用方法。

3. 定量PCR：这是判断一个核酸样品整体质量较好的方法。通过可扩增的PCR获取核酸定量、完整性等信息。

为此，新百基推出FFPE RNA提取试剂盒（货号：N1004），试剂盒含有专有的磁珠和特制的缓冲液，无需使用氯仿、苯酚、二甲苯以及巯基乙醇等有毒有害物质。纯化得到的RNA浓度高，质量优可直接用于RT-PCR、real-time RT-PCR、反转录等下游应用。

试剂盒特点

安全环保：试剂盒不含酚、氯仿等有毒有害物质

操作简便：无需脱蜡，样本经简单预处理即可上机提取

产物质量优：产物得率高，片段完整性良好

设计灵活：可手动或者自动化提取

实验数据

取6份20mg的石蜡包埋切片，采自同一石蜡包埋组织块，分别用品牌A、品牌B和新百基的FFPE RNA提取试剂盒各提取2份，提取产物用NanoDrop检测浓度（图一），用琼脂糖凝胶电泳检测基因组完整性（图二），用qPCR检测产物对下游扩增是否有影响（图三）。

图一：用新百基和company A，company B对FFPE样本RNA提取，浓度比对结果

图二：条带1-2为新百基；条带3-4为company B；条带5-6为company A电泳结果比对

图三：红色线条为新百基；紫色线条为company B；绿色线条为company A

结果显示：新百基FFPE RNA 提取试剂盒提取产物得率高，片段完整性良好，可直接用于下游应用。

订购详情

产品链接：http://www.bio-keystone.com/ffpe/141.html