DNA/RNA提取常见问题:产量、纯度与降解的应对策略
在分子生物学实验中,使用DNA提取试剂盒进行核酸提取时,常出现产量低、纯度不足、核酸降解等问题,这些问题直接影响后续实验的开展。针对生命科学行业从业者,本文梳理了这些常见问题的成因及对应的解决办法,助力实验顺利推进。
产量低是核酸提取中最易遇到的问题,其核心原因多集中在裂解和结合环节。首先,样本不完全裂解会导致核酸释放不充分,这是产量低的主要诱因,需根据样本类型优化裂解条件,比如合理使用溶菌酶、蛋白酶 K 等酶类,确保细胞结构被彻底打破。其次,结合条件不当也会影响核酸与硅胶柱的结合效率,需使用新鲜的优质 100% 乙醇稀释缓冲液或添加至结合步骤,劣质或久存的乙醇会因吸收水分导致浓度不足,进而影响结合效果。此外,洗涤缓冲液制备错误也可能造成已结合的核酸被洗脱流失,需严格按照试剂盒说明书配置洗涤缓冲液,把控试剂浓度和配比。
低纯度问题主要体现在蛋白质污染和盐类残留两方面,可通过 260/280 和 260/230 比率来判断。若 260/280 比率低,说明 DNA 被蛋白质污染,大概率是起始样本量过多,导致蛋白质未被完全去除或溶解,可适当减少样本量,或增加裂解和洗涤步骤的处理时间。若 260/230 比率不佳,问题通常源于结合或洗涤缓冲液中的盐分残留,需使用最高质量的乙醇制备洗涤缓冲液,若问题仍存在,可增加一次洗涤色谱柱的操作。对于环境样品,腐殖质是纯度的主要干扰因素,其行为与 DNA 相似,难以通过硅胶柱去除,需在提取前对环境样品进行预处理,减少腐殖质溶解。
降解问题在 RNA 制备中尤为突出,DNA提取则较少受此影响 —— 即使 DNA 有轻微剪切,也能满足 PCR 实验需求,若需完整的高分子量 DNA,可采用弱裂解方法。RNA 降解的诱因主要包括样品储存不当和裂解效率低,储存时需做好低温防护,避免 RNA 酶污染;裂解阶段要确保裂解液成分新鲜、酶类活性充足,最大化提升裂解效率,减少 RNA 在提取过程中的降解。
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