FFPE样本核酸提取因样本经过特殊处理，核酸存在交联和降解情况，提取有一定难度，但也有相对简单的方式，以下为你详细介绍：
试剂盒提取法
- 原理：基于硅胶膜吸附核酸的原理。在高盐低pH值条件下，核酸会特异性地结合到硅胶膜上，而蛋白质、多糖等杂质则被洗脱去除；然后在低盐高pH值条件下，核酸从硅胶膜上解离下来，从而实现核酸的分离和纯化。
- 操作步骤
    1. 脱蜡：将FFPE切片放入离心管中，加入适量的脱蜡剂（如二甲苯），振荡混匀，离心后弃去上清液，重复2 - 3次，以彻底去除石蜡。然后用无水乙醇洗涤样本，去除残留的脱蜡剂，离心弃去乙醇，晾干。
    2. 消化：向晾干的样本中加入适量的消化缓冲液和蛋白酶K，振荡混匀，置于55 - 60℃孵育2 - 4小时或过夜，使蛋白质充分消化。
    3. 结合核酸：消化完成后，离心去除不溶性杂质，将上清液转移至新的离心管中，加入适量的结合缓冲液，混匀后转移至硅胶膜离心柱中，离心使核酸结合到硅胶膜上。
    4. 洗涤：向离心柱中加入洗涤缓冲液，离心弃去废液，重复2 - 3次，以去除杂质。
    5. 洗脱：向离心柱中加入适量的洗脱缓冲液，室温放置2 - 5分钟后离心，将核酸洗脱到收集管中。
- 优点：操作简单、快速，一般在2 - 3小时内即可完成提取；试剂盒中配备了所需的各种试剂和耗材，无需自行配制，减少了操作误差；提取的核酸纯度较高，可满足大多数后续实验的需求。
- 适用场景：适合大规模样本的提取，以及对操作简便性和提取效率要求较高的实验室。
磁珠法
- 原理：利用磁珠表面的特殊化学基团与核酸之间的亲和力，在特定的缓冲液条件下，核酸会吸附到磁珠表面。通过外加磁场，可以将磁珠与溶液分离，然后经过洗涤和洗脱步骤，即可得到纯化的核酸。
- 操作步骤
    1. 脱蜡和消化：与试剂盒提取法的脱蜡和消化步骤相同。
    2. 结合核酸：向消化后的上清液中加入适量的磁珠和结合缓冲液，混匀后室温孵育一定时间，使核酸充分结合到磁珠上。
    3. 分离磁珠：将离心管置于磁力架上，静置片刻，待磁珠吸附到管壁上后，小心弃去上清液。
    4. 洗涤：向离心管中加入洗涤缓冲液，混匀后再次置于磁力架上，弃去上清液，重复2 - 3次。
    5. 洗脱：向离心管中加入适量的洗脱缓冲液，混匀后室温孵育一定时间，然后置于磁力架上，将上清液转移至新的离心管中，即为提取的核酸。
- 优点：操作简便，可实现自动化提取，适合高通量样本的处理；磁珠与核酸的结合特异性高，提取的核酸质量好；提取过程中不需要离心，减少了样本的损失。
- 适用场景：适用于自动化程度较高的实验室，以及需要处理大量样本的科研机构和临床检测中心。