FFPE样本的核酸提取是分子生物学研究中的重要环节，但由于样本经过固定和包埋处理，核酸会发生一定程度的交联和降解，提取难度较大。在进行FFPE核酸提取时，需要注意以下多个方面：

样本处理与保存
- 样本选择：尽量选择新鲜、固定良好的FFPE样本。避免使用有明显坏死、自溶或污染的样本，因为这些情况会导致核酸质量下降，影响后续实验结果。
- 切片厚度：切片厚度一般建议在5 - 10 μm之间。过厚的切片会增加脱蜡和消化的难度，导致核酸提取效率降低；过薄的切片则可能导致核酸含量不足。
- 样本保存：FFPE样本应保存在干燥、阴凉的环境中，避免样本受潮、发霉。长期保存时，可将样本置于-20℃冰箱中，以减少核酸的进一步降解。

脱蜡环节
- 脱蜡试剂：常用的脱蜡试剂有二甲苯、氯仿等。二甲苯脱蜡效果好，但毒性较大；氯仿毒性相对较小，但脱蜡速度可能较慢。选择合适的脱蜡试剂，并严格按照操作规程进行脱蜡操作。
- 脱蜡次数和时间：一般需要进行2 - 3次脱蜡，每次脱蜡时间为5 - 10分钟。确保石蜡完全去除，否则会影响后续的消化和核酸提取。脱蜡后，用无水乙醇冲洗样本，以去除残留的脱蜡试剂。

消化过程
- 蛋白酶K的使用：蛋白酶K是消化FFPE样本中蛋白质的关键试剂。应根据样本的大小和数量，合理调整蛋白酶K的用量和消化时间。一般来说，消化温度为55 - 60℃，消化时间为2 - 4小时或过夜。消化过程中，可适当振荡或搅拌，以提高消化效率。
- 缓冲液的选择：选择合适的消化缓冲液，确保其pH值和离子强度适合蛋白酶K的活性。同时，缓冲液中应含有适量的螯合剂，如EDTA，以抑制核酸酶的活性，保护核酸不被降解。

核酸提取与纯化
- 提取方法的选择：根据实验需求和样本特点，选择合适的核酸提取方法，如酚-氯仿抽提法、硅胶膜吸附法等。酚-氯仿抽提法提取的核酸纯度较高，但操作复杂，且有毒性；硅胶膜吸附法操作简便、快速，适合大规模样本的提取。
- 纯化步骤：提取的核酸可能含有蛋白质、盐离子等杂质，需要进行纯化处理。常用的纯化方法有乙醇沉淀、柱纯化等。纯化后的核酸应进行质量检测，确保其浓度和纯度符合实验要求。

避免核酸降解
- 操作环境：整个核酸提取过程应在清洁、无菌的环境中进行，避免核酸酶的污染。实验台面、移液器等实验器具应定期用核酸酶抑制剂进行处理。
- 试剂质量：使用高质量的试剂和耗材，确保其不含核酸酶。试剂应妥善保存，避免反复冻融。
- 操作速度：尽量缩短核酸提取的时间，减少核酸在外界环境中的暴露时间，降低核酸降解的风险。

质量控制
- 浓度和纯度检测：提取的核酸应进行浓度和纯度检测，常用的检测方法有紫外分光光度法、荧光定量法等。一般来说，DNA的A260/A280比值应在1.8 - 2.0之间，RNA的A260/A280比值应在2.0 - 2.2之间。
- 完整性检测：对于DNA，可通过琼脂糖凝胶电泳检测其完整性；对于RNA，可通过变性琼脂糖凝胶电泳或毛细管电泳检测其完整性。