科研人员在进行植物RNA提取时，常遇到RNA降解、产量低、纯度差等问题，这些问题往往与样本特性、操作方法或试剂质量相关。本文结合实验实践，对常见问题进行诊断并给出针对性解决方案。

一、RNA降解——最常见的“致命问题”
诊断依据：琼脂糖凝胶电泳显示28S rRNA与18S rRNA条带模糊，或仅出现弥散的低分子量条带；Nanodrop检测无明显的260nm吸收峰。

核心原因与解决方案：
1. 核酸酶抑制不彻底：若裂解液中胍盐浓度不足或β-巯基乙醇失效，需重新配制裂解液并确保变性剂比例准确；对于富含核酸酶的植物组织（如嫩叶、根尖），可适当增加裂解液用量。

2. 样本处理延迟：新鲜样本若在室温放置超过30分钟，RNA易降解，需立即用液氮速冻，已降解样本需重新采集。

3. 耗材污染：使用未经无酶处理的耗材会引入外源核酸酶，需更换专用无酶离心管和枪头，并用无酶水冲洗移液器。

二、产量低——提取效率的核心瓶颈
诊断依据：Nanodrop检测浓度低于50ng/μL，无法满足下游实验需求。

核心原因与解决方案：

1. 样本量不足或研磨不充分：干燥植物组织（如种子、木质茎）需增加样本用量至100mg以上，研磨时确保成细腻粉末，避免块状组织残留导致RNA释放不充分。

2. 裂解液与样本比例失衡：裂解液过少会导致变性剂浓度不足，过多则稀释RNA，需严格按照试剂盒说明书配比，通常100mg样本对应500μL裂解液。

3. 洗脱不充分：洗脱液体积过小（低于30μL）会导致RNA溶解不完全，过大则浓度稀释，建议用30-50μL无酶水在65℃温育5分钟后离心洗脱。

三、纯度差——下游实验的“隐形障碍”
诊断依据：Nanodrop检测显示260/280比值低于1.8（蛋白质污染）或高于2.1（RNA降解），260/230比值低于2.0（盐类或多糖污染）。

核心原因与解决方案：

1. 蛋白质污染：若离心后水相浑浊，需增加氯仿抽提次数（1-2次），确保彻底去除蛋白质；避免吸取中间层杂质。

2. 多糖多酚污染：对于茶叶、苹果、葡萄等富含次生代谢物的样本，可在裂解后加入1/3体积的5M KAc溶液，离心去除多糖沉淀；或选用专用的多糖多酚植物RNA提取试剂盒。

3. 盐类残留：洗涤步骤不彻底会导致盐类残留，需严格按照说明书完成2-3次洗涤，最后一次洗涤后空管离心30秒去除残留乙醇。