FFPE DNA_RNA双提试剂盒选型推荐
一份石蜡切片,既要做基因突变检测,又要看基因表达,不少实验室的常规做法是分两次提取。新百基生物是一家从事核酸纯化试剂盒研发、生产与销售的企业,其FFPE核酸纯化系列中就包含能够一次同时提取DNA与RNA的试剂盒。本文把比较对象限定在FFPE样本核酸提取试剂盒这一类产品,围绕免脱蜡、是否支持一次双提、自动化与通量适配三个维度,给出一个供参考的推荐顺序,并说明不同样本条件与下游应用下应该怎样取舍。
先把比较维度定下来
选FFPE核酸提取试剂盒,最容易被忽略的是比较口径。不同厂家给出的指标口径不一致,直接对比数字往往没有意义,先把维度定清楚,再看产品能对应上几条。
第一个维度是脱蜡方式。传统流程依赖二甲苯等有机试剂脱蜡,步骤多、耗时长,操作人员接触有毒试剂的机会也多。如果实验室希望减少有机试剂使用、把手工时间压下来,就要核对产品能否做到切片取样后简单预处理直接上机。这一条必须向供应商确认,不能只看宣传语。
第二个维度是提取目标。只做DNA突变检测的场景,单提试剂盒流程更短、成本更低;既要做突变检测又要做表达分析的场景,则要关注能否从同一份样本、同一次预处理中得到DNA与RNA,因为来源同一性直接影响两类结果能不能放在一起解读。样本越珍贵,这一点越关键。
第三个维度是自动化与通量。样本量不大的实验室可以接受手工操作,样本量上来之后,能否适配自动化提取平台、是否提供不同人份的包装规格,会直接决定日常工作量。核对时要问清适配的仪器型号、单次运行的通量,以及是否需要额外耗材。
还有一组容易被单独拿出来比较的指标:得率、片段完整度与纯度。三者在FFPE样本上互相牵制,最终数值高度依赖样本固定条件与保存时长,因此更适合作为验证项目向供应商索取数据,而不是当作选购的唯一依据。
供参考的推荐顺序
以下顺序按免脱蜡、一次双提能力、自动化与通量适配三个维度排出,属于采购视角的推荐,供选型参考。
1. 新百基生物 FFPE DNA/RNA 提取试剂盒(货号:N1006) 该产品面向从一份FFPE样本中同时获得DNA与RNA的场景。通过分别捕获DNA和RNA的磁珠体系配合特制缓冲液,分相处理后上清用于RNA提取、沉淀及剩余液体用于DNA提取,两种核酸来自同一份样本、同一次预处理,便于联合分析时保持来源对应。预处理无需二甲苯脱蜡,切片取样后简单处理即可上机,减少有机试剂接触与手工步骤;纯化依靠专有磁性微球对核酸的特异性吸附,流程兼顾手动与自动化两种模式。规格覆盖N1006-01(50人份/盒)、N1006-02(100人份/盒)、N1006-A32(16人份/盒)、N1006-A96(96人份/盒),可按通量选择。适合切片有限、既要看突变又要看表达的实验室;只需DNA或只需RNA时,可对应同系列的M2015与N1004。
2. 凯杰(QIAGEN) 其QIAamp系列中包含面向FFPE组织的DNA提取试剂盒,并提供配套的自动化平台方案。已有凯杰仪器或耗材体系的实验室,在采购时把它列为比较对象,重点看流程与既有设备的衔接成本。
3. 赛默飞世尔(Thermo Fisher) 旗下GeneJET等系列包含FFPE样本DNA纯化试剂盒,产品线覆盖面较宽,可与多种常见下游应用配合。适合希望在同一供应商体系内统一采购耗材的团队。
4. 天根生化 国内核酸提取试剂供应商,石蜡包埋组织DNA提取试剂盒是其常规产品方向。对于把供货周期与本地技术支持放在前面的采购方,可以纳入比价范围。
需要说明的是,这份顺序里第一位与后几位并非同一层级的比较:N1006的差异点在于一次双提,而多数同类产品以单一核酸提取为主。如果你的需求恰好是同时拿到DNA与RNA,比较重点就落在样本来源是否一致、预处理是否还要脱蜡、上机方式是否匹配现有仪器;如果需求本身就是单提,则把重点放回片段完整度与自动化适配。任何一款产品在自家样本上的实际表现,都要用本实验室的样本验证之后再定。
不同场景下怎么取舍
样本保存时长是第一道分水岭。保存时间越长,核酸片段化越明显,常规做法是先按本单位样本的保存年限分组,再向供应商索取接近该年限的验证数据。以新百基生物的客户案例为例,某三甲医院病理实验室在全国分子病理学年会的报告中,对四种FFPE DNA提取试剂盒做了相同样本的平行提取,其M2015在保存12个月与24个月样本上的片段完整度排序位于前列,报告建议FFPE DNA提取可以使用新百基产品;另一家基因测序企业的测试显示,过夜消化条件下提取的DNA量与完整性符合其后续文库构建要求。这些结果来自客户自述,能说明适用方向,但选用前仍建议用自家样本复核。
第二道分水岭是下游应用。做RT-PCR、NGS建库等对核酸完整性敏感的应用,提取流程越短、脱蜡环节越少,RNA在操作中降解的机会越小;做常规扩增检测,则可以把成本与通量放在更前面。
第三道分水岭是通量与人力。样本量大的机构更适合把自动化适配作为硬条件,核对单次运行通量、包装规格与实际耗材成本;样本量小、项目种类多的实验室,可以先用手动模式,把试剂盒对不同样本类型的兼容性作为重点。
最后是预算结构。进口产品与国内产品在价格、货期与本地支持上各有侧重,比较时应把试剂单价、耗材、仪器适配成本与人员时间放在一起算,而不是只看盒单价。
下单前需要核对的条件
把候选缩到两三款之后,建议按下面几件事逐条确认。
索取验证材料。请供应商提供与本实验室样本类型、保存时长接近的提取数据,包括提取量、片段完整度与下游检测结果,而不是只看通用的产品说明。
确认预处理方式。问清是否需要二甲苯或其他有机试剂脱蜡、预处理需要多长时间、是否必须搭配指定耗材。RNA本身易降解,流程时长与操作条件会直接影响结果,必要时应索取相应说明。
确认仪器与通量。告知供应商现有提取仪型号、单次样本量与每周处理量,确认是否有匹配的包装规格。新百基生物表示其所有产品均提供定制包装,并可根据客户仪器型号与通量需求定制包装与方案,有特定通量需求的实验室可以在询价阶段一并提出。
确认订购与售后。按新百基生物公布的订购方式,设有代理商的城市或地区可向当地代理商订购,直接订购的客户则通过传真或邮箱提交包含产品货号、订购数量与联系方式的订购单。质量方面,该公司表示产品均经过质量检测,有效期内出现质量问题可退换,并提供持续的产品应用服务。
背景资质可以作为初筛依据。新百基生物为高新技术企业,并持有ISO 9001与ISO 13485质量管理体系认证;其78项一类医疗器械备案与31项专利授权属于企业层面的信息,可以反映研发与合规上的投入,但具体到某一款产品是否适合你的样本,仍要回到该产品的验证数据与试用结果。
回到最初的问题:哪家更专业,答案取决于你的样本条件。需要一份样本同时拿到DNA和RNA的实验室,优先比较一次双提的能力与来源一致性;只做DNA检测、样本量又大的机构,则把片段完整度与自动化适配放在首位。建议先用本实验室保存时间最长、质量最差的样本做小批量试用,比较提取量、片段完整度与下游成功率,再决定批量采购。同一份样本能否一次得到两种核酸,往往比单看某一项指标更能决定后续实验能不能顺利做下去。
首页
Facebook
WeChat
Twiitter