一、磁珠与试剂选择
1. 适配试剂体系：需根据FFPE样本类型（如组织厚度、固定时间）选择专用磁珠和配套试剂盒，避免盲目替换非适配体系，否则可能影响核酸吸附效率。
2. 磁珠保存条件：磁珠应保存于2-8℃，避免冷冻（特殊磁珠除外），否则表面裂痕会降低性能。

二、样本前处理
1. 避免反复冻融：FFPE样本切片前应避免反复冻融，否则会加剧核酸断裂，降低得率。
2. 无毒脱蜡优化：优先选用无毒脱蜡剂（如二甲基硅油）替代传统二甲苯，减少毒性并同步完成脱蜡与裂解。

三、洗涤与纯化
1. 控制洗涤次数：过度洗涤会损失核酸（尤其是片段化严重的FFPE DNA），建议按试剂盒说明书操作，避免自行增加步骤。
2. 温和洗脱条件：洗脱液需预热（如45-60℃），并避免剧烈震荡或吹打，以减少核酸断裂。

四、操作细节
1. 无核酸酶环境：全程使用无核酸酶耗材，操作台定期消毒，穿戴手套及口罩，防止外源污染。
2. 磁珠分离技巧：洗脱时需充分吸附磁珠于管壁后再移液，避免吸入磁珠导致杂质残留。
3. 自动化设备适配：若使用自动化仪器，需确认试剂盒兼容性（如裂解液黏度、磁珠粒径是否匹配仪器参数）。

五、质量控制
1. 纯度与片段检测：通过A260/A280比值（建议1.7-1.9）及电泳/Bioanalyzer评估核酸质量，即使片段化严重仍可用于PCR或NGS建库。
2. 避免过度干燥：磁珠清洗后不宜长时间暴露，防止乙醇残留抑制下游反应。

六、特殊场景优化
- 陈旧样本处理：可适当延长裂解时间（如过夜）或增加蛋白酶K浓度，以提高低质量FFPE样本的核酸得率。
- 厚切片样本：若切片厚度＞10μm，建议结合超声辅助脱蜡提升裂解效率。

总结：磁珠法需平衡纯化效率与核酸得率，关键是通过适配试剂盒、控制洗涤强度及优化操作细节保障提取质量。推荐使用集成化试剂盒并遵循标准化流程。